Растительный покров характеризуется отчетливо выраженной вертикальной зональностью. Господствующими формациями
являются лиственничные леса из Larix sibirica и пихтовые леса из Abies sibirica, которые высоко в горах сменяются альпийскими лугами. Пихтовые леса распространены в среднегорном поясе Алтая, Кузнецкого Алатау, Салаира, а также в Хамар-Дабане, а в менее типичном виде — в Западном Саяне. В составе травяного покрова пихтовых (и вообще черневых) лесов наряду с обычными таежными видами присутствует ряд видов, обычно являющихся спутниками широколиственных лесов европейской части СССР или Дальнего Востока. К таким растениям относятся из папоротников Dryopteris filix-mas, из цветковых растений Asarum euro-paeum, Osmorhiza aristata (основной ареал на Дальнем Востоке), Sanicula europaea, Epilobium montanum, Circaea lutetiana, Asperula odorata, Campanula trachelium, Festuca gigantea. Наиболее богаты такими реликтами черневые леса Кузнецкого Алатау (Крапив-кина, 1973). К пихте часто примешивается Populus tremula. Нередко присутствует Pinus sibirica, иногда ель и береза. В некоторых местах Кузнецкого Алатау (в истоках р. Томск) в составе темнохвойных лесов принимает участие Tilia sibirica, которая на небольшой площади образует почти чистое насаждение (Кузо-деевский «липовый остров»). Для низкогорных и предгорных районов характерны парковые светлые леса из Larix sibirica с богатым травяным покровом. В подлеске наряду с другими кустарниками встречается Rhododendron dahuricum. Местами довольно часты леса из Pinus sylvestris. В предгорьях и межгорных котловинах характерны островные степи, площадь которых увеличивается к югу. В степях помимо злаков и разнотравья во многих местах видную роль играют кустарнички, в том числе карагана и Prunus tenella. В горах произрастает Leontopodium ochroleucum.